Zongoristaként és zeneszerzőként is elismert volt. A Qualiton együttessel készítette a Modern Jazz lemezsorozat első albumát, több formáció tagjaként koncertezett itthon és külföldön. Komponált filmzenét, musicalt, dalokat, színházi kísérőzenét, táncjátékokat és szimfonikus dzsesszművet. 1972-1984 között a Nemzetközi Jazz Föderáció alelnöke volt, 1990-ben az újonnan alakult Magyar Jazz Szövetség elnökének választották meg. Az alternatív zenepedagógia fejlesztésére 1990-ben megalapította a tatabányai Nemzetközi Kreatív Zenepedagógiai Intézetet.
Főbb lemezei közé tartoznak a Modern jazz sorozatban 1963 és 1969 között megjelent kiadványok, a Sámánének (1975), a Vonzások és választások (1980), a Solo Piano (1980), a Keyboard Music (1985), a Képek, emlékek (1999). Szextettjében együtt zenélt mások mellett Balázs Gáborral (basszusgitár), Berki Tamással (ének, gitár, dob), Kántor Péterrel (szaxofon), Dely Istvánnal (ütőhangszerek) és Kovács Gyulával (dob).
Számos filmhez is szerzett zenét, ezek között van a Nappali sötétség (1963, rendező Fábri Zoltán), a Sodrásban (1963, Gaál István, Sára Sándor), a Kedd (1963, Novák Márk), a Karambol (1964, Máriássy Félix), a Szentjános fejevétele (1966, Novák Márk), az Apa - Egy hit naplója (1966, Szabó István), A múmia közbeszól (1967, Oláh Gábor), a Szerelmesfilm (1970, Szabó István), a Mérsékelt égöv (1970, Kézdi-Kovács Zsolt), a Horizont (1971, Gábor Pál), az Aszfalt mese (1971, Török Ilona), A gyilkos a házban van (1971, Bán Róbert), az Utazás Jakabbal (1972, Gábor Pál), a Holnap lesz fácán (1974, Sára Sándor) és a Déryné, hol van? (1975, Maár Gyula).
Számos dzsesszzenei könyvet publikált/szerkesztett, ezek közé tartozott a Jazz. Történet, elmélet, gyakorlat (1965), a Mi a jazz? (1982), A populáris zene antológiája. Tanári segédkönyv az iskolai ének és a zeneiskolai oktatáshoz (1992), valamint a Jazzvilág (2004).
Gonda Jánost 1974-ben Erkel Ferenc-díjjal tüntették ki, megkapta a Magyar Köztársasági Érdemrend tisztikeresztje (1992), valamint középkeresztje (2002) kitüntetést, a Szabó Gábor-díjat, a Budapestért Díjat, 2011-ben vehette át a Pernye András-díjat, 2012-ben pedig a Széchenyi-díjat.
